V souvislosti s výskytem tzv. ptačí chřipky na většině území Indonésie doporučuje MZV českým občanům cestujícím do této země, aby dbali zvýšené opatrnosti a důsledně dodržovali pravidla hygieny. MZV v žádném případě nedoporučuje konzumaci tepelně nedostatečně zpracovaného drůbežího masa či vajec, návštěvy drůbežích závodů a farem, nebo ptačích trhů. Dále doporučuje, aby bylo zamezeno kontaktu s uhynulými zvířaty.
Z hlediska bezpečnosti turistům není Indonésie ve stávající době zcela bezpečnou zemí a to zejména z důvodu nepokojů a násilností, kterými je postižena řada provincií a oblastí země. Cestovatelům z ČR se doporučuje, aby po celou dobu pobytu v Indonésii věnovali maximální pozornost otázce osobní bezpečnosti, aby se průběžně informovali z místních i zahraničních médií o aktuální situaci v zemi včetně sledování otázky rizik, spojených s aktivitami teroristických a radikálních skupin v této části světa. Celkově je třeba mít na zřeteli zvýšenou opatrnost při cestování do vzdálených a odlehlých oblastí země, v případě individuální turistiky se doporučuje informovat se na místě o aktuální bezpečnostní situaci v konkrétní oblasti a do odlehlejších končin cestovat s místním průvodcem.
Jak ukazují zkušenosti z minulých let, během oslav náboženských svátků (především islámských) mohou radiální militantní skupiny provádět zastrašující akce, namířené proti zábavným podnikům, barům a jiným zařízením, navštěvovaným cizinci. Toto je třeba mít na zřeteli především v období před a během trvání půstního měsíce Ramadánu.
Během uplynulých 3 let docházelo čas od času v Jakartě a jiných větších městech Indonésie k teroristickým bombovým útokům. K těmto explozím docházelo i v místech hojně navštěvovaných cizinci, vč. lokalit považovaných v minulosti za zcela bezpečné, jak ukázaly teroristické útoky proti zábavním podnikům na Bali-Kutě v říjnu 2002, které si vyžádaly přes 200 obětí na životech především zahraničních turistů. V průběhu roku 2003 došlo i k dalším pumovým útokům a nelze vyloučit další podobné útoky do budoucna.
Indonésie figuruje na seznamu zemí, kde existují radikální islámské organizace a skupiny, některé z nich jsou paravojensky organizovány a vyvíjejí bojovou činnost. Stejně tak Indonésie figuruje na seznamu zemí, kde se mohou potenciálně ukrývat členové mezinárodních teroristických organizací, včetně organizace Al-Kaída. To vše představuje potenciální zvýšené riziko pro cestovatele.
Bezpečnostní situace v provincii Střední Sulawesi dlouhodobě nejeví známky zlepšení a sporadicky zde dochází ke konfliktům a útokům na civilní cíle, prostředky hromadné dopravy nevyjímaje. V této provincii došlo k opakovaným útokům na linkové autobusy. Cestovatelům z ČR se doporučuje, aby se vyhýbali cestování meziměstskými a meziprovinčními autobusy, které protínají uvedené území.
V návaznosti na pokračující ozbrojený konflikt na jihu Filipín je třeba věnovat pozornost tomu, že teroristická skupina Abu Sayyafa se uchyluje k praktikám únosů zahraničích turistů v jihozápadní oblasti Filipín v těsné blízkosti hranic s Indonésií. TAto skutečnost je zdrojem potenciálního bezpečnostního rizika pro zahraniční návštěvníky těch oblastí Indonésie, které se nacházejí v blízkosti rizikového území Filipín, např. oblastí v provincii Severní Sulawesi a zejména území přiléhajících ostrovů.
Situace v oblasti provincii Moluky (zejména v Ambonu) a Severní Moluky je z bezpečnostního hlediska ie nadále nestabilní. Sitauce v oblasti Acehu na severu Sumatry zůstává dlouhodobě napjatou. Zahájení vojenské operace armády proti bojovníkům separatistického hnutí GAM v květnu 2003 učinilo z této oblasti ohnisko válečného konfliktu a občanům ČR se striktně nedoporučuje cestování do této oblasti. Je třeba věnovat maximální pozornost otázce osobní bezpečnosti a informovat se o aktuálních bezpečnostních rizicích i v případě cest do oblastí Severní Sumatry, které se nacházejí v těsné blízkosti Acehu.
Zahraniční návštěvníci oblasti Západní Papuy (Irian Jaya) by měli věnovat zvýšenou pozornost otázce osobní bezpečnosti a sledovat aktuální vývoj bezpečnostní situace v této oblasti. K cestám na Západní Papuu je nutné si předem , v dostatečném časovém předstihu obstarat policejní povolení ke vstupu (kromě cest do Jayapury a Biaku). V případě cest do oblasti Západního Timoru se nedoporučuje cestovat mimo správní středisko Kupang.
Návštěvníkům Lomboku, kteří hodlají provozovat vysokohorskou turistiku v okolí sopky Mont Rinjani se silně doporučuje využívat k tomuto účelu pouze registrované průvodce a informovat se na místní policii o aktuální situaci v této části Lobmoku s ohledem na skutečnost, že v okolí sopky operují kriminální gangy, zaměřené na loupežná přepadávání zahraničních návštěvníků.
V souladu s indonéskými o předpisy a zákony se cestovatelům z ČR připomíná, že jsou povinni mít při sobě osobní doklady pro případné ztotožnění. V případě krátkodobých návštěvníků se jedná o cestovní pas, v případě osob, majících povolených pobyt na území Indonésie, se jedná o průkaz povolení k pobytu (tzv. KITAS card). Držitelé povolení k pobytu KITAS jsou povinni být registrování u místního registračního úřadu Rukun Tertangga (RT) a oddělení místní policie, sledovat délku trvání platnosti povolení k pobytu a vstupních/výstupních víz a zavčas činit kroky k jejich prodloužení. Krátkodobí návštěvníci jsou povinni sledovat délku platnosti návštěvních víz a v případě jejich nezbytného prodloužení zavčas činit příslušné kroky na místní policii. Propadlá víza mohou být důvodem k zadržení, vymáhá pokutu a případnému vyhoštění a zákazu pobytu v Indonésii do budoucna.
Občané ČR, pobývající zejména v hlavním městě Jakartě ale i jiných větších městech, by měli dodržovat obecné zásady preventivní bezpečnosti, například:
- nesetrvávat po zbytečně dlouhou dobu na místech s velkým srocením lidí
- měnit čas od času pravidelné trasy pohybu
- věnovat pozornost podezřelým, opuštěným zavazadlům/balíčkům na veřejných prostranstvích
- věnovat pozornost podezřelým, opuštěným vozidlům nezvykle parkujícím před obytnými či jinými budovami
Zvýšenou pozornost je třeba věnovat otázce pouliční (obecné) kriminality. Oblíbeným trikem kriminálních gangů, působících na ulicích Jakarty, je okrádání pasažérů osobních automobilů při nastraženém defektu pneumatiky. V těchto případech se doporučuje setrvat uvnitř uzamčeného vozu po celou dobu výměny/opravy poškozené pneumatiky. S ohledem na rostoucí počet případů loupežných útoků řidičů taxi-vozidel na pasažéry se doporučuje využívat služeb pouze renomovaných přepravců s vozidly, přistavenými buď přes telefonní objednávku nebo na taxi-stanovištích větších hotelů a nákupních středisek.
Při pobytu v Indonésii si musí turisté řádně hlídat své osobní věci (hlavně peníze, pasy, letenky).
Největší koncentrace kriminálních živlů je na ostrově Bali, kde nejčastěji dochází k okrádání nepozorných turistů. Každý návštěvník musí neustále pečlivě dbát o svá příruční zavazadla, která mohou být v nestřežený okamžik odcizena pouličními organizovanými gangy. Nejčastěji dochází k okradení tím způsobem, že zloděj narazí do chodce motocyklem, čímž dojde k nepřehledné situaci, kterou zloděj zneužije, vytrhne oběti zavazadlo z rukou a ujede. Policie takové případy nevyšetřuje, sepíše pouze protokol, čímž je celý případ uzavřen.
Indonésie je muslimská země a islám zde nabývá na významu, proto je nutné respektovat určité zásady (např. odívání - zejména u žen, požívání alkoholu).
Nutná je obezřetnost při konzumaci potravin a vody (zásadně nepít vodu z vodovodní sítě !). Repelenty na obtížný hmyz s sebou nebou zakoupit v místě, v zemi není vzácný výskyt přenášejících horečku Denge.
Indonésie patří mezi země, které tvrdě postihují držení, přechovávání, požívání a obchodování s drogami. Tresty smrti za drogové delikty jsou nekompromisně vykonávány i na cizích státních příslušnících.
Z velké většiny nižší indonéští úředníci anglicky nehovoří, v hotelích je však možné se domluvit anglicky bez větších problémů. Při jednání občana/turisty s indonéskými úředníky je nutné počítat s byrokratickými průtahy, které mohou velice znepříjemnit cestu po Indonésii. Indonéské úřady trestají nedodržení migračních zákonů (např. pobyt v Indonésii po ukončení doby platnosti víza, pohyb v citlivých oblastech země).