Po 11. 9. 2001 došlo ke zhoršení celkové bezpečnostní situace v zemi. Na Filipíny byly vyslány speciální americké jednotky pro boj s terorismem, na což mohou radikální muslimské skupiny reagovat akcemi proti cizincům.
Ministerstvo zahraničních věcí situaci v zemi nepokládá za zcela bezpečnou, proto je zapotřebí dbát pravidel mimořádné obezřetnosti. Turistům, kteří se rozhodnou do oblasti cestovat, se doporučuje před cestou konzultovat aktuální situaci se zastupitelským úřadem ČR v Manile. Velvyslanectví ČR v Manile zásadně nedoporučuje cesty do jižních oblastí Filipín, především na jih ostrova Mindanao, poloostrov Zamboanga a na ostrovy Sulu, Basilan a Tawi-Tawi (kde probíhají občasné boje mezi armádou a muslimskými separatisty, hrozí zde také nebezpečí únosů).
Filipíny se staly v poslední době zemí se zvýšeným rizikem útoků muslimských extrémistů s prokázaným napojením na Al Kaidu a indonéskou Džamája Islámija. Jejich bombové útoky na velké koncentrace osob (letiště, autobusové terminály, supermarkety) si vyžádaly za poslední léta desítky obětí, včetně několika cizinců. I když statistická pravděpodobnost ohrožení není vysoká, je nutné na toto riziko upozornit, zejména v celé oblasti Mindanaa, ale i v dalších velkých městech, včetně Manily. Rovněž nelze podcenit ani vojenské aktivity militantní složky maoistické komunistické strany tzv. New People's Army, která operuje po celém území Filipín, zejména ve venkovských oblastech.
Pokud jde o běžnou kriminalitu, ta je obdobná jako ve světových metropolích.
Filipínské MZV nedoporučuje návštěvy novinářů i filmových a televizních týmů, protože je obtížné zajistit jim ochranu.
Konzumace alkoholu na veřejnosti je - mimo vyhrazené restaurační zařízení – zakázána.
V hlavním městě Manile se doporučuje zvýšená opatrnost v nočních hodinách (časté jsou incidenty s řidiči taxíků) a je třeba se vyhnout chudinským čtvrtím. Hlavními turistickými centry jsou ostrovy jižně od hlavního města, př. Cebu, Palawan, Mindoro, Boracay.
Z cizích měn se doporučuje přivézt USD. Ne všechny banky a směnárny vymění jiné měny. Výměnu je lépe provádět i přes případně méně výhodný kurz v bankách, oficiálních směnárnách a v hotelích. Některé hotely neakceptují osobní šeky, pouze šeky cestovní. Platební a kreditní karty jsou běžné.
Za nejjistější dopravní prostředek lze považovat taxíky, které zastaví na znamení. Doporučujeme zvolit ty, které mají zapnutý taxametr.
Při cestování mimo Manilu lze použít vnitrostátní leteckou přepravu, dálkové klimatizované autobusy nebo lodní dopravu, všechny tyto prostředky s sebou nesou - podobně jako v ostatních zemích regionu - určitá rizika.